Voici le résumé de l'histoire un peu plus aprofondie :
L'histoire se déroule en Allemagne, en 1985, à Düsseldorf. Kenzo Tenma, le personnage principal, est un jeune neurochirurgien très talentueux, déstiné à une brillante carrière et fiancé à la fille du directeur de l'hôpital, Eva Heinman. Mais un jour il refuse de soigner le maire et préfère soigner un garçon blessé d'une balle dans la tête. Sa soeur jumelle est aussi internée dans l'hôpital car elle est très choquée. Leurs parents (adoptifs) ont été assassinés sauvagement. Le garçon s'en sort, mais le maire meurt, faute de soins. Tenma est alors licencié par le directeur de l'hopital et Eva le quitte. Peu de temps après, le garçon et sa soeur disparraissent.
Dix ans plus tard alors que Tenma est sur le point de devenir le directeur d'hôpital, il est acccusé de meurtre qui ont en fait été commis par Johann, ce garçon de 11 ans qu'il avait sauvé. Dès lors l'inspecteur Rünge, un homme de caractère et de confiance prend en charge l'enquête. Il poursuit Tenma sans relâche tandis que ce-dernier poursuit Johann ; car Tenma, qui se demande s'il n'a pas sauvé un « Monstre », sait que les meurtres sont "l'œuvre" de son ancien patient. On apprend petit à petit, que sont Johann et sa soeur Nina, enfants issus des anciennes pratiques eugénistes. Leur jeunesse traumatisante, les expériences sur enfants dans l'orphelinat du Kinderheim 511, apparaît par bribes au fil des épisodes.
